Основные задачи нового института — проведение научно-исследовательских работ, направленных на улучшение племенных качеств лошадей, активное развитие коневодства и продвижение отечественных пород на зарубежные рынки. Сегодня институт ставит перед собой амбициозную задачу — увеличить поголовье племенных лошадей на 6-7% в течение ближайших пяти лет.

Расширение ареалов разведений местных пород лошадей, таких как костанайская и адайская, а также высокопродуктивных мугалжарских и кушумских генотипов и казахских лошадей типа жабе мясо-молочного направления становится важной задачей для селекционно-племенной работы. Для этого планируется создать информационный банк данных, который будет хранить сведения о различных генетических группах лошадей, банк семени и эмбрионов,  построить лабораторию иммунной генетики с пунктом искусственного осеменения кобыл. Также будет проводиться работа по подготовке специалистов-коневодов. Создание специализированной ветеринарной клиники для лошадей значительно повысит уровень ветеринарного обслуживания и будет способствовать улучшению здоровья и благополучия лошадей.

Приоритетными направлениями научных исследований до 2035 года в продуктивном коневодстве будут повышение генетического потенциала лошадей отечественной популяции селекционными, технологическими методами и широкое внедрение в  товарные хозяйства разных регионов Казахстана. Все это позволит обеспечить рост продуктивности разводимых пород на 20-25%.

Ключевым аспектом успешной реализации намеченных планов станет интеграция с зарубежными научно-исследовательскими центрами, университетами и лабораториями международного стандарта. Реализация совместных научно-технических программ и обмен информацией помогут внедрить передовые практики в казахстанское коневодство и сделать его более конкурентоспособным на международной арене.